Con las últimas resoluciones expedidas por la Comisión de Justicia de la FPF, la tabla de posiciones de la Etapa Nacional de la Copa Perú cambió radicalmente con relación a la clasificación al término de la primera fase. Entre los 8 primeros clasificados directamente no hubo cambios de equipos pero sí de posiciones, luego de resolverse los reclamos.
Donde sí hubo cambio de equipos es en el grupo de los 16 que clasificaron al repechaje. En los casos de los equipos de esta zona: León de Huánuco que estaba en el puesto 17° bajó hasta el casillero 21; Alianza Universidad bajó hasta el puesto 22°. El Municipal de Yanahuanca que estaba ubicado 20° subió al puesto 19°.
Por esta situación es que también han cambiado sus rivales. León ya no jugará con San Román, ni con Las Palmas de Cajamarca, sino con Atlético Torino, que al final de la Etapa Nacional estaba emparejado con Alianza Universidad. Por su parte el cuadro azulgrana, primero iba a chocar con el Torino, luego con Garcilaso y finalmente le tocó con Huamantanga de Jauja.
Finalmente, el Municipal de Yanahuanca primero estaba en la llave con Garcilaso de Cusco, luego se dijo que iría con Huamantanga y finalmente le tocó Laure Sur de Chancay, Lima.
Las demás parejas del repechaje son las siguientes: Social Venus-Deportivo Andahuaylas; Santos FC de Ica -Sport Huanta de Ayacucho; Garcilaso-Carlos Stein; Las Palmas-Bellavista y Unión Tarapoto-Credicoop San Román.
