Entre las 1068 mesas programadas para instalarse en las provincias de Ambo, Huánuco y Pachitea, habían 12 mesas habilitadas solo para el Referéndum, con un total de 1096 electores que cumplieron 18 años en el periodo comprendido entre el cierre del padrón electoral para las elecciones regionales y municipales (octubre de 2017) y la convocatoria al Referéndum 2018 (9 de octubre de 2018). Las 12 mesas se instalaron en seis distritos de Huánuco, dos en Ambo y cuatro en Pachitea, con la siguiente cantidad de electores:
- Huánuco, en la Institución Educativa Señor de los Milagros con 270 electores en una mesa.
- Amarilis, en la I. E. Rósulo Soto, con 225 electores.
- Pillco Marca, en la I. E. Juan Velasco Alvarado, con 85 electores.
- Churubamba, en la I. E. Carlos Castillo Ríos de Quechualoma, 87 electores.
- Chinchao, en la I. E. Nuestra Señora de Lourdes, 53 electores.
- Santa María del Valle, I. E. Jorge Basadre, 71 electores.
- Ambo, I. E. N° 32133, 53 electores.
- San Rafael, I. E. Divino Maestro, 36 electores.
- Chaglla, I. E. N° 32581, 43 electores.
- Molino, I. E. Carlos Iván Degregori, 44 electores.
- Panao, I. E. Túpac Amaru II, 80 electores.
- Umari, I. E. N° Leoncio Prado Gutiérrez, 49 electores.
