En los centros de votación demoró en demasía la instalación de mesas de sufragio. El peor de los casos se registró en la mesa n.º 016754 de la I. E. Illathupa que terminó de instalarse recién a las 9.50 a. m. Similares casos se registraron en las I. E. César Vallejo, Marcos Durán Martel, Mariscal Cáceres, en Amarilis; Leoncio Prado, Milagro de Fátima, Juana Moreno, Pedro Sánchez Gavidia en Huánuco.
La irresponsabilidad en la inasistencia de los miembros de mesa causó molestia a los ciudadanos que fueron a sufragar a tempranas horas. Sumado a la falta de capacidad de los coordinadores de la ONPE, en solucionar el problema, se generó la protesta de los electores porque no designaban a los integrantes de la fila para conducir el sufragio.
Con llamadas telefónicas, los coordinadores de la ONPE trataban de ubicar a los miembros de mesa, así pasaba el tiempo y las colas persistían.
Los votantes estuvieron desconcertados en ubicar sus mesas de sufragio porque a diferencia de otras elecciones, para 2016, la ONPE dispuso la ubicación de las mesas por apellidos y no por grupos de votación.